En 1967, lors de travaux d’aménagement du quartier de la Bourse, les fouilles ont mis à jour l’ancien port de Marseille : jardin des Vestiges, nécropole et remparts d’époque grecque, quai, bassin d’eau douce, voie dallée d’époque romaine. Mais le musée, qui proposait une histoire didactique de la ville, était trop à l’étroit pour pouvoir montrer l’étendue de ses richesses.

Après plusieurs années de travaux, entièrement rénové et agrandi (6 500 m2), le nouveau musée s’ouvre au public. La transformation — spectaculaire — est l’aboutissement d’un très ambitieux programme de restructuration entrepris par la Ville de Marseille pour l’année Capitale.

Le fil d’Ariane du parcours : présenter l’histoire maritime et portuaire de Marseille à travers treize séquences, de 600 av. J.-C. à aujourd’hui. Un avant-propos aborde les trente mille ans d’occupation humaine, depuis la grotte Cosquer. Le site archéologique attenant au musée, dont il constitue une « salle à ciel ouvert », ainsi que les espaces du site, permettent de déployer un fonds de quelque 44 000 objets ou documents.

De nombreux outils multimédias et des animations en 3D offrent des clés de lecture multiples.